Enquanto parte de uma Instituição de Ensino Superior, a Missão Primeira do Museu Heinz Ebert é produzir e divulgar conhecimento na área de Geologia para todos, independentemente do nível de conhecimento dentro do ensino formal, popularizando o tema e fornecendo o máximo de informações corretas possível, para que as pessoas interpretem e compreendam o meio ambiente do ponto de vista geológico.
Desde o início da formação de seu acervo, o Museu Heinz Ebert tem como prioridade a função didática, tendo ao longo dos anos ampliado o caráter cultural-didático com vistas a abranger outros públicos que não apenas os estudantes universitários. Enquanto espaço aberto para a comunidade, portanto, o Museu visa organizar exposições públicas e gratuitas, que têm como função mostrar a beleza, a regularidade e a importância do universo geológico, e divulgar a necessidade do aproveitamento racional dos recursos minerais, oferecendo ao visitante contato com diferentes materiais naturais e seus usos e papéis no dia-a-dia da sociedade moderna.